فیزیولوژی دستگاه گوارش اسب بسیار پیچیده و منحصر به فرد است. جمعیت میکروبی بخش انتهایی دستگاه گوارش اسب ضمن تخمیر و هضم خوراک، نقش اساسی در تولید برخی ویتامین­ها، تحریک سیستم ایمنی، محافظت از دستگاه گوارش در برابر پاتوژن­ها، خنثی ­سازی سموم و تنظیم بیان ژن­ها در بافت لوله گوارش اسب دارد. از این رو، توجه به پایداری این اکوسیستم میکروبی حساس، تاثیری حیاتی در سلامت و شادابی اسب داشته و عدم توجه به آن می­تواند مشکلات جدی در پی داشته باشد.