دستگاه گوارش زنبورهای عسل محل استقرار جمعیت میکروبی تخصص یافته‌ای است که در تخمیر و هضم قندها و کربوهیدرات­های پیچیده، خنثی سازی سموم، بیوسنتز مواد مغذی، تقویت سیستم ایمنی و مقابله با عوامل بیماری­زا نقش مهمی بر عهده دارد. از این رو، عواملی مانند رژیم غذایی، آلودگی­های محیطی و پاتوژن ها که توازن جمعیت میکروبی دستگاه گوارش زنبورهای عسل را تحت تاثیر قرار می‌دهد، می‌توانند سلامت و عملکرد  کلنی را با خطر جدی مواجه کند.