پرورش متراكم طيور احتمال ابتلا به انواع عفونت‌هاي ميكروبي نظير سالمونلا، كمپيلو‌باكتر و كلستريديوم پرفرنژنس را افزايش مي‌دهد که به طور مستقیم عملکرد نهایی طیور را تحت تاثیر قرار خواهد داد. فلور میکروبی طبیعی دستگاه گوارش، یکی از عوامل اصلی محفاظت از روده در برابر هجوم عوامل بیماری‌زا است. با این حال، در طیور جوان، به دلیل عدم توسعه کامل دستگاه گوارش، سیستم ایمنی و جمعیت میکروبی طبیعی روده، احتمال ابتلا به عفونت های دستگاه گوارش افزایش می یابد.